真言宗御室派の別格本山。

天喜5年(1057年)藤原康基が、御冷泉天皇の御願により建立。その後、応仁の乱の兵火にあい、長い間荒廃が続いた。寛永18年(1641年)江戸の豪商樋口平太夫家次翁により伽藍堂宇が再興され、仁和寺の宮覚深法親王より改めて五智山蓮華寺の号が授けられた。

境内の石仏群が有名で、五智如来像5体と菩薩像11体が並ぶ。また7月の土用の丑の日には、キュウリに疫病を封じ込め病気平癒を祈願する「きゅうり封じ」の法要が行われる。