臨済宗相国寺派の禅寺で正式には鹿苑寺という。

鎌倉時代の公卿、西園寺公経の別荘を室町幕府三代将軍の足利義満が譲り受け、「北山殿」と呼ばれる大規模な邸宅を造営したのが始まりとされる。邸宅とはいいながら御所に匹敵する大規模なもので、義満は応永元年（1394年）に征夷大将軍職を子の義持に譲っていたが、ここで政治の実権を握った。

義満の死後、遺言により「北山殿」は舎利殿（金閣）を残して解体され禅寺となった。禅寺の名前は義満の法名鹿苑院殿から二字をとって鹿苑寺と名付けられた。この唯一残された舎利殿（お釈迦さんのお骨を祀る建物）こそが、通称「金閣寺」に由来する建物で、鏡湖池のほとりに建つその姿はあまりに有名。

建物の内部は三層に分かれており、第一層は公家風の寝殿造り、第二層は鎌倉時代の書院造風、第三層は禅宗様仏堂風の造りので、異なる三つの様式を組み合わせた建築は、当時としても斬新だったという。なお、金箔は二層および三層に貼られている。

造営当時、舎利殿の周りにいくつか建物が作られ、舎利殿の北に作られた天鏡閣といわれる建物とは、双方の二階で橋がかけられ廊下で往来が出来たという。今では天鏡閣の建物は跡形も無く、そのあたりには「龍門の滝」とよばれる滝があり、龍門の滝を鯉がのぼり切ると龍になるという中国の故事「登龍門」にちなんでいる。

金閣は創建後、幾度も修理を行ってきたが、昭和25年の放火により全焼。この事件は三島由紀夫の小説『金閣寺』や水上勉の『金閣炎上』の題材となった。現在の舎利殿は事件から5年後の昭和30年に復元されたもの。

舎利殿の他にも、当時考えられていた日本列島の形を模したとされる池泉回遊式庭園は、国の特別史跡および特別名勝。鏡湖池に映る金閣の姿も見どころのひとつ。

また、境内の数寄屋造りの茶席は、ここから眺める夕陽を浴びた金閣が美しいことから「夕佳亭（せっかてい）」の名がつけられている。

平成6年（1994年）世界文化遺産に登録。