真言宗御室派の総本山。

仁和2年（886年）、光孝天皇が西山御願寺として造営に着手したのが始まり。2年後の仁和4年（888年）宇多天皇が先帝の遺志を引き継いで完成し、元号をとって「仁和寺」と命名された。その後、宇多天皇は退位して仁和寺で出家され、御室（御座所）を建て移り住んだ。

「室」は僧坊を意味し、法皇が御座する室の意味から「御室」といわれた。以来、仁和寺は皇子や貴族が住職を務めるわが国初の門跡寺院となり、「御室御所」と称された。平安時代後期には72もの寺院・院家(別院)が建立されるほど隆盛した。

しかし時代は変わり、京都を戦場として東西両軍が戦った応仁の乱では、仁和寺に陣を構えていた西軍に対し、東軍が攻撃を加え、すべて焼け野原になったとされている。その後、寛永11年（1634年）から、徳川家光の寄進によって再建が推進された。

きぬかけの路からのぞむ、重厚な二王門には左右に金剛力士像が立ち、京の三大門の一つにも数えられる。広大な境内には国宝の「金堂」をはじめ、重要文化財の「五重塔」「御影堂」「観音堂」や、江戸時代の画家・尾形光琳の屋敷を移築したといわれる茶室「遼廓亭」や「飛濤亭」などがある。皇族や貴族とのゆかりが深かったため「仁和寺御殿」といわれる御所風建築物が特長といえる。

また、中門内の西側一帯には「御室桜」と呼ばれる桜の林があり、およそ200株植えられているその桜は、どれも樹高が低く根元から枝分かれしている。その特徴は土壌の性質によるものといわれ、根元に土を盛って育てられている。その低い花の雲の向こうに五重塔が浮かぶ様は多くの者を魅了する。

「わたしゃお多福、御室の桜　鼻（花）は低ても人が好く」と俗謡にうたわれ、京都でも一番の遅咲きの桜として古くから親しまれている。

平成6年（1994年）世界文化遺産に登録。