臨済宗妙心寺派の大本山。

この地にあった花園法皇の離宮を禅刹に改め、建武4年（1337年）に創建された。南を正面として総門と勅使門が並び、まっすぐ北へ三門、仏殿、法堂、寝堂と続き、南から北へ禅寺式の七堂伽藍が一直線に並ぶ。これらを取り巻くように、約100,000坪の山内の敷地に46ヵ寺に及ぶ塔頭寺院が建ち、日本最大の禅寺にふさわしい偉容を誇っている。

法堂、梵鐘、浴室と46の塔頭のうち、退蔵院・桂春院・大心院と境外塔頭である龍安寺は通年公開しており、拝観することが出来る。 法堂には、8年の年月を費やして描かれた狩野探幽の筆による有名な天井画（雲龍図）があり、その龍の目はどこからみてもこちらをにらみつけているように見えることから「八方にらみの龍」ともいわれている。

また、法堂では国宝の梵鐘（黄鐘調の鐘）を見ることが出来る。その音が雅楽十二律の黄鐘調にあうところから、この名称でよばれるようになった。以前は、鐘楼で実際に突かれていたものを法堂内に移動された。この鐘はおよそ1300年前に造られた日本最古の紀年銘鐘で、『徒然草』にも記されたほどの名鐘である。

浴室は通称「明智風呂」と呼ばれ、明智光秀を供養するために建てられたものとされる。現代の風呂とは違い蒸し風呂になっている