헤이안 시대 초기인 888년에 제59대 우다 천황에 의해 창건된 사원.

출가 후의 우다 천황이 부지 내에 '오무로'라 불리는 승방을 짓고 살았기 때문에 '오무로 고쇼'라는 별칭으로도 불렸다. 이를 계기로 황실과의 인연이 깊어져, 근대에 이르기까지 황족이 역대 주지직을 맡으며 불교의 각 종파를 통괄했다.

오닌의 난(1467년부터 1477년까지 계속된 내란)으로 많은 건물이 화마에 소실되었으나, 에도 시대에 재건. 국보인 금당은 이때 교토 고쇼에서 이축된 것으로, 당시의 궁정 건축을 오늘날에 전하고 있다. 또한 금강역사상이 위엄을 발하며 지키는 정문 '니오몬(二王門)'은 유명하며 지온인 사원의 '산몬(三門)', 난젠지 절의 '산몬(山門)'과 함께 교토의 3대 문이라 불리고 있다.

사원의 대부분은 무료로 관람할 수 있는데, 가장 추천하는 것은 유료 관람인 '고덴'.

우아한 건축 양식과 고덴을 에워싸는 남쪽과 북쪽의 정원은 운치가 있으며, 그 옛날 궁정의 분위기가 감돈다. 남쪽 정원은 교토 고쇼에서 의식을 진행할 때 사용했던 정원을 본떠 만들어, 흰 모래가 깔려 있다. 북쪽 정원은 연못과 석가산(石假山)이 입체적으로 구성되어 있고, 뒤로는 다실과 오층탑이 바라보인다.

고덴은 이들 정원에 의해 외부 세계와 차단되어, 마치 당시로 시간 여행을 떠난 듯한 착각에 빠진다.

봄에는 벚꽃 명소, 가을에는 단풍 명소로도 유명해 시즌에는 많은 관광객이 찾는다. 닌나지의 벚꽃은 교토에서 가장 늦게 피는 것으로 알려져 있으며, 시내의 벚꽃이 다 핀 후인 4월 중순~하순에 절정을 맞는다.

1994년에 유네스코 세계유산(문화유산)에 등재.