平安時代初期的888年，由第59代宇多天皇創建的寺院。

出家後的宇多天皇在寺院內建了名為御室的僧房並居於此，因此又被稱為「御室御所」。因此這座寺院和皇室的關係密切，到近代為止都由皇族擔任歷代住持，總括佛教各宗派。

應仁之亂（將京都一分為二的大戰）時多數建物燒毀，於江戶時代重建。國寶金堂就是當時由京都御所遷移而來，將當時的宮廷建築流傳至今。此外，左右矗立著充滿威信的金剛力士像的正門「二王門」極出名，和知恩院的「三門」、南禪寺的「山門」並列為京都三大門。

大部分的寺院皆可免費參觀，最推薦大家付費參觀「御殿」。

雅致的建築式樣，以及南北環繞的庭園極為壯觀，洋溢著過去宮廷的氣氛。南庭為模仿京都御所的儀式之庭，舖著白砂。北庭由池塘和假山圍成一個立體的空間，後方可見茶室和五重塔。

御殿被這些庭園環繞，與外界隔絕，讓人有彷彿回到當年的錯覺。

春天是知名的賞櫻勝地，秋季則是知名的楓紅景點，每到這些季節就會湧入大量的觀光客。仁和寺的櫻花是京都最慢綻放的櫻花，市內櫻花盛開後的4月中旬～下旬才是花況最美的時候。

1994年獲聯合國教科文組織登錄為世界遺產（文化遺產）。