室町幕府第3代將軍足利義滿於1398年建立的金色舍利殿（Pavilion），是日本最出名的觀光名勝之一。特別是雪景中的寺殿更充滿空靈之美，許多觀光客會趁下雪時造訪。

當時金閣寺占地之廣，媲美京都御苑，內有許多建物，匯集了日本政治中樞的功能。然而1408年義滿歿後，舍利殿以外的建物被捐贈給南禪寺和建仁寺，遵照義滿遺言成為禪寺。1489年第8代將軍足利義政仿此舍利殿建造銀閣寺，各自成為室町時代的代表性建築。

1929年獲指定為國寶，1950年因金閣寺見習僧侶放火而燒毀。以此事件為背景的三島由紀夫長篇小說「金閣寺」，成為他的代表作，也是代表近代日本文學的傑作之一。

幸好明治時代分解修繕時，曾留下詳細圖面，因此1955年在政府支援及當地經濟界的捐助下，得以如實重建成功。燒毀前金閣寺上的金箔幾乎剝落殆盡，燒毀後調查古老材料，發現創建當時全體都以黃金覆蓋，重建時就以創建時的狀態進行復原。因此現今的金閣寺可是極其忠實重建創建當時的狀態。

1994年獲聯合國教科文組織登錄為世界遺產（文化遺產）。