平安时代初期的888年，由第59代宇多天皇建造的寺院。

出家后的宇多天皇在仁和寺境内修建了名为御室的僧舍，因此这里又被称为“御室御所”。因此仁和寺与皇室的渊源很深，直到近代，历代住持都是由皇族担任，管理佛教各宗派。

在应仁之乱（将京都一分为二的大战）中曾有大量建筑被烧毁，于江户时代得到重建。作为国宝的金堂，在重建时由京都御所移建而来，因此得以将当时的宫廷建筑保留至今。金刚力士像怒目圆睁的正门“二王门”非常有名，与知恩院的“三门”、南禅寺的“山门”被合称为京都的三大门。

寺院的大部分都是免费开放的，但最值得推荐的景点还是需要付费参观的“御殿”。

雅致的建筑样式和环绕四周的南北庭园美轮美奂，散发着旧时宫廷的气息。南庭是模仿京都御所中举行仪式的庭园建造的，以白砂铺就。北庭则是由池塘和假山构成的立体空间，向后可望见茶室和五重塔。

在这些庭园的包围下，御殿与外界彻底隔离开来，置身其中，感觉就像穿越到了过去。

春天的樱花，秋日的红叶都是这里的著名美景，在春秋两季会吸引大量的游客到访。仁和寺的樱花是京都最晚盛开的樱花，在市内樱花已绽放殆尽的4月中旬～下旬，仁和寺的樱花将进入盛花期。

于1994年被联合国教科文组织列入世界遗产（文化遗产）。