由室町幕府的第3代将军足利义满建于1398年的贴金舍利殿（Pavilion），是日本最著名的观光名胜之一。这里的雪景更是具有一种梦幻之美，在下雪天特来观光的游客很多。

当时的金阁寺拥有足以和京都御苑匹敌的大片土地，建筑物鳞次栉比，集中了日本的政治中枢功能。但是在1408年义满去世后，舍利殿以外的建筑都被捐赠给了南禅寺和建仁寺，根据义满的遗言，成为了禅寺。1489年，第8代将军足利义政模仿这座舍利殿建造了银阁寺，最终这两座寺庙都成为了室町时代的象征性建筑。

之后的1929年，金阁寺被指定为国宝，却不幸在1950年的见习僧人放火事件中被烧毁。三岛由纪夫还根据该事件创作了长篇小说“金阁寺”，成为了他的代表作，同时也是代表近代日本文学的一部杰作。

万幸的是，在明治时代进行的拆解修理中绘制了详细的设计图，1955年，金阁寺在国家的支持和当地经济界的捐助下，得以复原重建。在被烧毁之前，金阁寺的大部分金箔都已经剥落殆尽，通过在烧毁后调查古老材料，发现金阁寺在建成之初是完全被金箔包覆的，于是经过重建，成功复原了始建时的壮观景象。因此，如今的金阁寺已经极为忠实地再现了始建之初的完整风貌。

于1994年被联合国教科文组织列入世界遗产（文化遗产）。